Главным недостатком водомёта является его высокая стоимость. Она примерно в полтора раза больше, чем на обычный винтовой двигатель. Для небольших катеров это может привести к значительному увеличению цены. Поэтому, как правило, покупатели предпочитают более стандартный набор винто-рулевой комплекс.
Вторым недостатком является существенное отличие в управлении. У водомёта нет нейтральной передачи, как на автомобилях. У водомёта мягкое сцепление, которое постепенно возрастает, поэтому при включении сцепления, вы не чувствуете мгновенной реакции. У большинства людей происходит одно и тоже – они крутят ручку газа до упора, и получают не тот эффект, которого ожидали. А вся хитрость управления водомётом сводиться к тому, что в портах надо плавать с помощью дефлектора, а вот на открытой воде в море уже использовать ручку газа.
Ещё одной проблемой водомёта является обрастание. Если вы ежедневно катаетесь, то внутренняя поверхность трубу постоянно промывается, а вот если оставить водомёт на несколько недель в бездействии, то начнётся обрастание. При этом начинает теряться мощность. Эту проблему можно частично решить с помощью специальной краски, но она сама смывается потоками воды, проходящим через трубу.